“十五”期间，由于新生人口逐年减少，流动人口不断增加,全国中小学的调整合并加快进行，多种因素造成的校际教育失衡和城乡教育失衡广受质疑，南通地区在几年间中小学数已由四千多所整合为八百多所。均衡发展成为教育发展的一条重要原则。唯有均衡发展才能使最广大人民群众的子女都能沐浴现代教育的惠泽。

受择校热的持续影响，市三中初中部生源不断减少，05年秋季开学时，仅有367人，而地处东郊的师院附中随着周围居民结构发生变化，在诸多因素影响下生源也明显不足。2006年4月，根据市区教育布局调整的需要，南通市教育局发文明确师院附中与市三中合并，成立新的市三中，师院附中整体搬入市三中校园，原址置换给南通师范学校。5月8日召开了首次两校办公会成员联席会议。局领导到会宣讲了有关政策规定，尔后新的市三中领导班子开始运作（班子成员：校长顾宙，书记罗飞，副校长刘晓红、何庆章、顾刚强，副书记徐婷）。暑假期间，师院附中的搬迁工作如期完成。2006年新学年开始时，新的市三中班级数由63个增至74个，学生数由2675人增至3200余人，在职教职工人数由214名增至309名，由于工作部署周密细致，教育教学秩序井然，两校师生顺利融合。合并后学校规模扩大，教育资源优化，师资结构更趋合理，办学力量明显增强，初中施教区域向东延展，高中艺术特色教育实力加强，新的市三中迎来了新的发展机遇期。

 研究高考，全面提升质量。高校扩招对普高办学的影响在这一时期充分显现。三中的普高规模持续扩大，2006年与附中合并之前，初中部学生仅367人，8个班，而高中部达2308人，55个班，其中普高各年级均达14—16个班。几年间，高考录取率屡创新高，其中本二以上录取人数为58人，艺体本科录取人数为42人，这在三中历史上是不多见的。

普高持续升温对高中文化课的教学提出更高的要求，针对高考改革的新形势，结合新课程改革的推进，学校高度重视高中各科教学的研究和指导，并进一步规范高中各年级的管理。鉴于江苏省的高考模式从2000年开始变化频繁（从3+小综合，到3+大综合，到3+2的文理兼报，再到3+2的文理分开，采用等级制等等），学校及时应对高考模式的变化，每届高三均成立了高考研究小组，积极开展活动，收集信息，分析研讨，适时调整办学策略和教学重点。由于认识充分，措施落实，应对得当，这一时期学校高中教学质量明显提升，得到市局主管部门的充分肯定。

强化管理，走内涵发展道路。两校合并前后，市三中的领导和教师清醒地认识到：学校规模扩大，并不等于实力的增强，只有进一步强化管理，走内涵发展的道路，不断提高教育质量和办学水平，才能真正实现学校品质的提升。这一阶段，学校在教学管理上认真扎实地坚持如下做法：

1．坚持听课评课。学校每周都安排中层及以上干部听相关学科的随堂课，侧重对课堂教学有效性的调研，要求听课者及时与教师交流，提出明确而中肯的意见、建议，并填写听课评议表交校长室，作为教师教学业务考核的依据，学校定期对听课情况进行交流。

2．坚持备课笔记和作业批改的检查。学校每学期的期中和期末，安排中层及以上干部协助相关学科组长对教师的备课笔记和作业批改情况进行检查，备课笔记除看其相关备课要素外，侧重了解教师对新课改中研究性学习和学生自主学习的落实，学生作业除了解数量是否适度，更侧重了解作业内容的选择和形式的变换及教师批改情况，并给予评价，优者全校给予表彰和展览。

3．坚持青年教师教学竞赛活动。这一活动在内容和形式上不断创新，由最初的课堂教学竞赛，发展为先期的论文写作、基本功演练、说课等，并在学科广泛发动，预赛推荐的基础上，再进行全校的竞赛，评出教学能手和标兵，整个活动成为各学科开展教研的过程。

另外，在考试质量分析、学科教研活动等方面均形成特色。2006年上半年，为落实学校提出的“建设书香校园，实施全人教育”的倡议，举行了持续三周的“语文周”教研活动，展示了学校的教研成果，锻炼了教师队伍，凝聚了课改的力量，在市区学校中产生较大影响。

上述举措似并无新意，但贵在坚持，重在过程的落实和落实的过程，这些做法在附中合并和与通中联合办学后仍得以坚持，并逐步成为三中常规性的教学活动，产生了良好的效果，它对学校领导了解一线教学实情，适时调整教学管理策略，及促使教师落实教学六认真，参与教科研活动发挥了积极作用，学校教学管理在规范化、精细化上上了一个台阶，在教育局连续多年的质量考核中，学校均超额完成任务。

锻造队伍，促良师脱颖而出。针对两所不同学校背景的教师走到一起的现实，学校更加重视队伍的锻造，通过各类教研活动，包括学科备课、比赛观摩、讲座研讨及各类培训进修，加速两校教师间的学习、沟通和融合。这一时期，市三中的师资质量明显提高，教学水平和师德修养均有良好表现。2004—2006年间有201篇文章发表于省级以上刊物，18人获大市以上各类奖励，20余人进入学科带头人、教学骨干、教坛新秀的行列，其中陆晓蔚老师在2006年的优秀体育课评选中获大市一等奖、省一等奖，并在第二届全国中小学体育教学观摩展示活动中获全国二等奖。张弛老师成为学校首个取得研究生学历和硕士学位的青年教师。

语文学科的陆精康老师，多年潜心中学语文教学和相关文史知识的研究。至2006年，已在省级以上各语文专业刊物上发表文章近400篇（至2009年1月他退休时，已逾500篇）。在中学语文界被称为“学者型中学语文教师”。

化学学科的朱爱美老师，曾连续十多年担任班主任，深受学生尊敬和信赖，所带班级年年被评为文明班级。她授课班级的中考、高考成绩突出，且带领化学学科团队取得超省、市均分的好成绩。她多次指导高二学生参加省市化学竞赛，先后有11人次获奖，其中省二等奖2人，省三等奖4人。2003年发表的《研究型学习在化学教学中的尝试》被评为当年江苏省化学学会论文一等奖。

朱爱美老师两次被市教委荣记三等功，2005年被评为市直中学“学科带头人”，2006年被评为省师德典型及市优秀教师。她的事迹曾在市教育工作会议上作为典型予以推介。