1983年开始，市三中为贯彻全面发展的方针，作出新的努力。

在教学改革方面，外语学科青年教师李美勤同志进行三L教材试验，得到省市教育部门的重视和肯定，1984年获市青年教师教学观摩一等奖，其经验曾在《南通教育报》上做过介绍，省有关部门还专门在三中召开了英语教材教法研讨会；孙俐初老师等参加全国数学自学辅导教材试验，经连续二届六年探索，成绩明显，多次给市内外同行上试验课，介绍改革经验。1991年7月，孙老师本人获得全国数学自学辅导优秀实验教师的称号；各学科都有一批骨干教师带头钻研教材、改进教法，探讨新的教学模式，先后为校内外、兄弟省市同行上了观摩课、试验课，受到好评；这个时期进行的两届青年教师教学竞赛活动，推动了教改研究。曹奕曾获市青年教师美术课评比一等奖。

80年代后期学校从实际出发，提出了“和谐教育”的办学思想。一是创设和谐的人际关系：和谐协调的领导班子；和谐的教师群体；和谐的师生关系。二是创设和谐的教育教学氛围，让教师乐教，学生乐学。三是促进学生在德、智、体、美各育健康和谐地发展。在这三个和谐上，和谐的人际关系是办好学校的必要条件，和谐的教育教学氛围是教好书育好人的手段，学生各育的和谐健康发展是办学的目的。经过几年的实践，取得了较好的成效，得到了上级的肯定。此项探索曾向市区中学校长作过汇报，得到了《江苏教育》杂志的关注，张愈淳校长撰写的《开展“和谐教育”，面向全体学生》一文在《江苏教育》1991年7—8合期上作为《治校篇》进行过报导。

这一时期，学校建立了德育工作领导小组，负责研究和开展全校的学生思想教育工作，建立健全了班主任会议制度和工作守则。教职员工教书育人、管理育人、服务育人，全校上下组成德育工作网络。宣传典型，表扬先进。围绕革命传统、爱国主义、尊师守纪及日常行为规范等专题，先后多次组织典型班会进行研讨，交流经验；在学校、家庭、社会三结合教育方面，也积累了一些经验，一些年级成立了家长委员会，一些年级开办了家长学校，加强了与家长的沟通和交流，对学生有效地进行思想品德教育。吴若思同志在班务工作中，成绩显著，1983年12月被市局授予“南通市优秀班主任”称号，他写的《爱护·尊重·疏导——我做差生工作的体会》作为先进经验在市内推介，并被北京师范大学出版社编入《中国当代中小学教师优秀论文选》一书。班主任王钟奎同志也被评为南通市普教系统优秀教育工作者。1991年9月，负责全校学生思想教育工作的教导处副主任邵永康同志，先后被评为市优秀共产党员，市红会先进个人和南通市、江苏省、全国优秀教师。由于市三中有一支实力较强的德育工作队伍，全校六个年级三十多个班级，组织纪律性较强，活动开展得生气蓬勃，不少班级先后多次被市局评为“先进集体”“文明新风班”，有的还被团市委命名为“新长征红旗突击队”。90年刘华同学见义勇为，巧斗歹徒，保护了国家财产，受到市、省表彰，获省公安厅“见义勇为”奖，《新华日报》等报纸介绍了他的事迹。

1988年上半年，市教委倡导加强校园文化建设，市三中拟就“崇德博学”校训（吴若思执笔，师生讨论通过），一直沿用至今。

思想教育工作保证了教学工作的顺利进展。86届以来的几届初三毕业班在中考中，无论是优生率还是及格率在市区排名靠前；政治、语文等科目，中考成绩都超过了市区平均分；高考中，录取华东师大、苏大以及本市职大、电大的本科、专科学生有一百多人。

学校各学科的第二课堂和小竞赛活动十分活跃。连续参加两届全国性的“读好书，让精神世界更美好”活动取得银奖。两届“五佳”活动，发现和培养了声乐、美术、书法、篆刻、摄影人才。政治、外语、语文等学科积极组织同学参加省市学科知识大赛。1989年，初中部严明同学，参加江苏省“叶圣陶杯”语文大赛获二等奖。政治学科被评为市先进集体。各学科老师在教学研究和论文撰写方面也有收获。邹剑、陆精康等老师所写论文，有的获全国学会的大奖，有的发表在省市杂志上。

每年一次的学校田径运动会，以及市中学生运动会上，发现和培养了不少优秀体育人才，曾有2人打破市记录，3人获得了国家二级运动员称号。1990年，三中还被评为南通市体育运动先进单位，体育学科被评为市先进集体。1990年，全市“园丁之声”歌咏比赛中市三中荣获第一名；在市区中学校歌比赛中，获创作一等奖和演唱第一名（作词吴若思等，作曲邵志云、景南宁）。1992年7月20日由南通市星期六义务劳动组委会、省市有关方和市三中共同投资建成的南通市青少年游泳池正式开放。

三中红十字会成立于1983年，是南通市教育系统的首家。由于领导重视，会员努力，在校内外开展了不少活动，做了许多好事，取得显著成绩，先后被市、省、全国评为先进集体。校医马振贤，学生徐东被评为全国先进会员，受到表彰和奖励；1988-1990市三中连续三年被评为南通市先进集体；高保强、徐冲等十多位同志先后受到教育局记功表彰。

校园建设方面，先后建成新的厨房、二层教工活动室、阶梯教室、两幢教工住宅楼（共40套）等校舍设施，并开始五层教学大楼项目的前期准备工作。李育宁同志自1980年调任总务主任后，具体负责了多项校园建设工程，直至1994年退休。

校办厂连续多年被评为“合格骨干企业”，“安全生产单位”，1984年，加入南通三元实业公司，创办了南通电视机二厂，徐永塘、林刚强为厂长，与南通电视机厂合作生产14、17吋三元牌、支云牌电视机，年利润达50万元之多，为教学和改善教工生活作出了贡献。

这一时期，担任市三中校级主要负责人的先后有校长樊伯平、书记张建中、校长张愈淳，班子成员有管怀印、何广余、张效成、施巨澜、赵建辉、高宝强、陈家颐、缪成祖等同志。