“文革”以后，学校党政领导，首先进行了思想政治上的拨乱反正。同时，对教工在“文革”前的所谓政治历史问题，和“文革”中的现实表现进行了复查，实事求是地作出结论，尽可能地清退了“文革”期间的查抄物资，认真落实知识分子政策，从而激发了广大教师的政治热情和工作积极性。这期间共有十四位教工被批准入党。与此同时，民盟、民进和致公三个民主党派组织也相继成立或恢复活动。教代会顺利召开，工会、学生会、少先队等群团组织相继恢复活动。工会主席张华，学生会主席朱晓晖，少先队大队辅导员张萍，团委书记王伟，在学校党支部的领导下，共商学校大事。

为了适应教育和教学工作的新形势，学校采取了“培训、引进、改行”六字方针，调整充实了教师队伍，并建立了教职工岗位责任制、学籍管理制度及师生的考核制度，明确提出了“严谨执教、为人师表、尊师守纪、求实创新”的校风建设要求。

80年代初某些外来思潮对青少年的思想产生消极影响，学校在城东派出所和村委会的配合下，整治了周边治安环境，排除了校外不良青年对学校的滋扰，整顿了校风校纪，维护了教学秩序，在此基础上学校以《中学生守则》和《师德标准》为中心内容，广泛开展“学雷锋、树新风、创三好”和“五讲、四美、三热爱”活动，进行社会主义精神文明建设；教学上，面对三中生源的实际，“以纲为纲，以本为本”“查漏补缺，因才施教”，加强了基础知识的传授和基本技能的训练，教学实效明显提高。

三中重视培养学生的兴趣爱好，发展各自特长，广泛开展了课外兴趣小组活动。1978年以来，学校在全国和省市学科知识性比赛中多次取得好成绩。高中部瞿剑在江苏省语文知识竞赛中获三等奖；1981年，高中部邱志强在江苏省和全国中学生数学竞赛中分别获二等奖和优胜奖，1985年初中部的张唯峰参加全国首届硬笔书法比赛，作品入选；还有不少初、高中同学在本市举办的地理、历史、语文、英语、化学等科目的知识竞赛及少儿画展中多次获奖。

这一时期，市三中为高一级学校输送了一批优质生源，79届高中毕业生瞿剑以全市高考（文科）第一名的成绩进入北大历史系学习，随后又在北大历史系研究生院毕业；77届程书剑，卢春华，高夕林，81届陈佳平、邱志强、卜秉心等不少同学大学毕业后考取了研究生院，有的出国深造，卜秉心还获得了国务院颁发的国家重大成果奖。这一时期学校还为空军部队输送8名飞行学员，居全市中学之首，多次受到上级表扬，并获得“招飞工作先进单位”光荣称号。还有多名毕业生光荣参军，吴建同学在对越自卫反击战中英勇牺牲。多数毕业生在工厂、乡镇从事普通工作，他们心灵手巧，作出了自己的一份贡献。78届校友陈汉祥离校后分在钟秀乡的棉织十四厂担任供销员，由于工作积极成绩显著，91年被评为南通市工交供销先进工作者；81届校友李意是通棉二厂普通女工，由于钻研技术、锐意进取，先后获市先进标兵、“三八”红旗手、江苏省“新长征突击手”称号，并曾出国传授技术。

三中在教育教学改革上取得了可喜的成绩。中年教师李平，青年英语教师李美勤，多次对市区上公开课，介绍教学经验。李平老师生前是市中语会理事，在省级杂志上发表了《谈比较法教学》等论文。李美勤老师于1982年被评为南通市优秀教师。史地学科姜月梅老师于79年受市教研室之邀参加编写《中学历史表解》，姜月梅、张云霞还应邀参加编写《中学历史活页》，这二本书分别于81年、82年出版。数学学科徐树森同志写的《复数的几何运用》刊在1981年《江苏教育》12期上。孙模、杜珍玉、张华、徐冲等同志由于工作勤奋，成绩显著，曾出席南通市学校先进工作者代表会议。

三中的文体活动很活跃，在市以上的田径、球类比赛中，取得了许多成绩。1980年市“三好杯”篮球赛，初、高中女篮均获冠军；1981年市36届中学生田径运动会，少甲组获团体总分第一名；1982年，37届运动会上，高、初中组分别获团体总分第一、二名。

自1980年起，学校根据总体规划调整了校园布局，关闭了西边的老校门，在校园正中开辟了南北长200米，宽7米的中心大 道，浇制了水泥路面，于大道南北两端新砌了南北校门和传达室。南门造桥，征地筑路，连通校外机动车道，结束了建校以来汽车不能进校的历史。在南北中心道百米处，修筑了贯通东西的大道，整个校园划为四个区域：东南是园林区，西南是运动区，西北是教学区，东北是办公区和教学实验区。在市局支持关怀下，因地制宜，将原8个平房教室翻建了一幢三层18个教室的教学大楼（后冠名“博学楼”，楼名由校友保育钧题写，至今仍在使用），基本上更新了36个班的学桌凳，在操场上修建了煤渣跑道，学校四周砌了围墙，铺设了下水管道，更换了自来水管，解决了长期饮水难的问题；学校狠抓绿化，建造了百花园、天竹园、月季园、桂花园，在南北大道两侧建造了36个以雪松为主体，广玉兰为陪衬，月季等花卉为点缀的花坛，使校园四季常青，花香扑鼻，环境幽雅。1978-1986年市三中先后被评为区、局、市爱卫、计划生育、财务、文档、综合治理、校园绿化、民调、精神文明等先进单位。

校园经济也得到迅速发展，元件十六厂年利润万余元，改善了办学和生活条件。

这个时期学校先后由校长樊伯平、书记江子杨及薛长春、管怀印、张建中、张惠民等组成领导班子。