1958年9月，一初中在原有基础上增设高中部，招收两班高一新生，学校也更名为南通市第三中学，成为南通市区的第四所完全中学。潘楚善任党支部书记兼副校长。全校23个班级，在校学生数为1345人。学生来源于市区及南通县。因为校舍紧缺，县区学生仍借住在校外。

市三中从初中发展成完中，经过了一段艰苦奋斗的历程。1959年，招收高一新生四个班，学生数激增，教室不够用，图书馆和实验室只得暂时搬到大饭堂，让出房屋做课堂。有些班级在破房里上课，雨天漏水，师生仍然坚持上课。学校将原平房教室改建成二层楼房教室，因经费紧张，师生自觉拾掇砖瓦，轮流参加基建劳动。家住农村的学生有几百人，全都寄宿在校，宿舍不够，一部分借住延寿庵、望江楼、民房三处，生活指导老师对分住各处的同学细心关照，严格管理。学校领导和行政人员晚上也要到校值班。当时教学设备差，老师还自己动手土法上马制作了四百多件教具，并且先后办起了小型作坊式的织布厂、造纸厂等作为劳动基地，组织各班学生轮流下厂劳动。师生们还在饲养场里养鸡、养猪、养兔，课余开展编制热水瓶竹壳、做簸箕、办土窑烧砖等勤工俭学活动。每年组织学生去郊区农业生产队参加夏季的“双抢”和秋收秋种。同学们自带行李，整队步行到支农地点，以班级为单位，集体住宿，自办伙食。在田里运麦捆、拾麦穗；运稻捆、拾稻穗、摘棉花；上场脱粒、值夜看场……各班之间开展团结互助，劳动竞赛，组织访贫问苦、扶助孤寡活动，组织小记者写通讯报导，反映劳动动态，表扬好人好事，在学校的农忙小报上及时登载。以此培养学生热爱劳动、热爱劳动人民、勤俭节约、不畏艰苦的精神。1961年5月，国家号召知识青年支农，当时学校领导对初三毕业生作了动员，同学们热烈响应，踊跃报名，有18位同学被批准作为首批支农学生，下乡实践锻炼，他们先后成长为农村工作干部。

艰苦环境锻炼了师生，提高了师生的思想觉悟，又有盛金心等同志光荣入党，朱光汉、卢光宇、魏永明、保蕴玉、薛际斌等老师由于工作积极，成绩显著，先后于1959年和1960年出席南通市先进生产者、先进工作者代表会和南通市文教群英会。1961年，孙德一调任五初中书记兼校长，陈家如接任团委书记，团的工作搞得生气蓬勃。1963年下半年，全校开展学习雷锋活动，师生中被学校提名表扬的就有172人次；当时校园内桃树喜结果实，没有一人私自摘取，学校的优良风气可见一斑。

这一时期，学校非常重视学生的思想品德教育，适时邀请市委宣传部长、教育局领导以及英模人物来校做形势报告，请专家学者来校作专题讲座，激发学生为报效国家、服务社会而勤奋学习的热情，树立“力争第一流，攀登最高峰”“时刻听从祖国召唤”的志向，树立正确的人生观、世界观，努力做德、智、体全面发展的接班人。

这一时期，学校逐步形成了一支责任心强、业务水平高、敬业尽职，对学生充满爱心的教师队伍。他们勤勉工作、教书育人。对有特长的学生，打破常规，创设宽松的学习环境，助其成长，受到学生由衷地喜爱和尊崇。学校教育和教学质量都比较高，为高一级学校和社会输送了一批有用之才。1961年，三中首届高中毕业生98人中，当年考入高等学校的就有24人，其中保育钧和张芳桐同时考入中国人民大学新闻系，保育钧曾任《人民日报》副总编，张芳桐任解放军《政工导刊》主编；丁兆祥考入哈尔滨军事工程学院，成为军工高级技术人才，任中国运载火箭技术研究院飞行器研究所高级工程师、研究员；赵德培为中国科学院蔬菜研究所副研究员；62届高中毕业生吴怡祖考入华东化工学院后又进西柏林工业大学深造，获德国化学博士学位；62届高中毕业生王湛当年考入南京师范学院中文系，“文革”后山东大学研究生毕业，获文学硕士学位，曾任国家教育部副部长、江苏省副省长等职；63届高中毕业生王维贤，在校时就是受团省委表彰的优秀团员，毕业后考入中国人民大学，后任河北省商业厅副厅长。还有更多的高、初中毕业生，在工农业生产岗位上尽心尽力作出贡献。

市三中一向重视体育运动，学校不仅狠抓对师生的体育常规教学，而且也进行专项训练，既重视普及，也重视提高。全市性的中学生足球比赛自1959年至1965年，三中年年都是冠军。1964年，三中少年足球队代表南通市参加全省十二个县市比赛获第6名，老中青教师参加全市教工运动会和广播操比赛也取得好成绩。

市三中的民兵工作也具有特色。为加强爱国主义和军事技术教育，经常开展军事训练。这个时期先后三次获得市“五四”青年射手流动红旗。射击和航模，在省市和全国比赛中都取得好成绩。民兵中有七人达到国家三级运动员标准。由于民兵三落实工作搞得好，国防体育有特色，市三中被评为江苏省国防体育红旗先进单位。1964年国庆节，《南通日报》在“光辉的十五年”专题中以《我们都是兵》为题作了详细介绍。

在文娱、美术等方面市三中也取得相当好的成绩。65年元旦，学生排练的“夜间演习”大型舞蹈获南通市群众文艺会演优秀创作奖和优秀演出奖；同年，民兵宣传队二十名师生带着20多个节目赴如皋、海安、如东演出，慰问下乡务农的校友，观众达6000余人次，盛况空前，被人们称为“乌兰牧骑”式的队伍；63届初中毕业生沈启鹏的绘画作品《饲猪图》曾到日本展览。

58年后，学校的勤工俭学活动掀起新的高潮，校办织布厂的机器增加到32台，另有两台毛巾织机；还办起了玻璃制品加工厂等。学校更加重视学生的实际锻炼，经常组织师生下乡下厂参加劳动，学习工农，得到好评。

1961年，学校班级数达到38个，随着学生数的增加，教学设备相应增加，校舍建筑面积达到6590平方米，图书由原来的2000册增至14553册，理化仪器、史地挂图也增加不少。教师在教学中积累了不少经验，全市的自然学科教研活动以三中为中心，兄弟学校的同行经常集中于三中备课，听课，观摩教学，探讨教法，在市区自然学科教学中，起了一定的示范作用。

潘楚善为市三中首任党支部书记兼副校长，后来费朝一、李相同志相继担任学校党支部书记，陆建、朱绍楠担任正副校长。汪家珍任教导主任，鲍永禄任总务主任。

这一时期学校全面贯彻党的教育方针，制定了一系列教育和教学管理章程，积累了一些办学经验，使一所解放后由人民政府自己创办的完中充满生机和活力。